A clonagem natural ocorre espontaneamente na Natureza, sendo comum a diversas espécies.
- Fragmentação: o organismo fragmenta-se espontaneamente ou por acidente e cada fragmento desenvolve-se originando novos seres vivos, como é o caso das estrelas-do-mar e das algas
- Partenogénese: processo através do qual um óvulo se desenvolve originando um novo organismo, sem que tenha havido fecundação prévia. Este processo é comum na abelha, pulgão, formiga, alguns répteis e anfíbios.
- Bipartição: um indivíduo divide-se em dois com dimensões sensivelmente iguais, desenvolvendo-se a partir de cada fragmento dois seres, como é o caso da amiba, planaria e paramécias.
- Gemulação: num organismo formam-se uma ou mais dilatações, denominadas gomos ou gemas, que crescem e desenvolvem originando novos organismos. É um processo comum na hidra de água doce e na levedura.
- Esporulação: formação de células reprodutoras denominadas esporos que, ao germinarem, originam novos indivíduos, como acontece nos fungos
- Multiplicação vegetativa: nas plantas, as estruturas vegetativas, raízes, caules ou folhas, por vezes modificadas, originam, por diferenciação, novos indivíduos. É o processo utilizado pelas cenouras (raízes), batateira (tubérculo), fetos (rizoma), Bryophyllum (folha).
